Gonten gehörte, wie das ganze innere Land, zur Kirchhöri Appenzell. Schon früh besass Gonten eine eigene Filialkirche und wurde 1647 zur Pfarrei erhoben. Die erste Pfarrkirche entstand um diese Zeit. Die heutige Kirche mit ihrem schlanken hohen Turm, dem Wahrzeichen des Dorfes, wurde 1865 fertiggestellt und 1971/72 renoviert.Beide Kirchen waren der heiligen Verena geweiht. Gonten war jahrzehntelang ein vielbesuchter Wallfahrtsort. Verehrt wurde das heute noch in der Kirche stehende Gnadenbild "Maria zum Trost".